BIOMEDICAL DATA MINING AND INFORMATION RETRIEVAL

Introducción

Descripción

Nuestro objetivo principal en este proyecto es el desarrollo de un sistema de información clínico, que denominaremos BIDAMIR (BIomedical DAta Mining and Information Retrieval) que permitirá acceder, de forma inteligente, a la información textual y extraer conocimiento de utilidad desde las fuentes de datos estructuradas. En la figura 1 se muestra un esquema global del escenario de aplicación del sistema.

Esquema bidamir

Datos del proyecto:

Investigador Principal: Jacinto Mata Vázquez
Cuantía de la subvención: 96.916,25 euros
Entidad financiadora: Consejería de Economía, Innovación y Ciencia. Junta de Andalucía
Entidades participantes: Universidad de Huelva y Hospital Virgen del Rocío de Sevilla
Fecha de finalización del proyecto: 01/05/2016 (prorrogado hasta el 01/05/2017)

RESUMEN

BIOMEDICAL DATA MINING AND INFORMATION RETRIEVAL
La sobrecarga de información es una realidad que afecta a cualquier ámbito de la sociedad, pero es en el ámbito de la biomedicina donde, quizás, su impacto está siendo aún mayor.

A modo de ejemplo, la base de datos MEDLINE contiene, en la actualidad, más de 20 millones de resúmenes de artículos científicos. Además, los datos médicos, biológicos y clínicos conforman un repositorio muy valioso para obtener conocimiento útil con un alto impacto social. En la actualidad, los centros sanitarios almacenan información tanto en forma no estructurada (texto incluido en informes clínicos, artículos científicos, etc.), como estructurada (bases de datos con resultados de pruebas clínicas de pacientes, bases de datos genéticas, etc.). Esta dualidad también se observa en repositorios de libre disposición para la investigación. Un ejemplo de ello es la base de datos científica MIMIC-II (Multiparameter Intelligent Monitoring in Intensive Care), que contiene resultados de laboratorio, documentación electrónica y datos de la monitorización de los pacientes. Las necesidades de los investigadores y profesionales requieren, de forma cada vez más crucial, herramientas adaptadas a sus requerimientos que faciliten el acceso a dicha información. Para poder extraer conocimiento útil a partir de estos voluminosos almacenes de datos es necesario recurrir a la combinación de las técnicas de minería de textos y minería de datos. Nuestro objetivo principal en este proyecto es el desarrollo de un sistema de información clínico, que denominaremos BIDAMIR (BIomedical DAta Mining and Information Retrieval) que permitirá acceder, de forma inteligente, a la información textual y extraer conocimiento de utilidad desde las fuentes de datos estructuradas. El acceso inteligente a la información textual se logrará integrando recursos léxicos y semánticos del dominio, aplicando técnicas para el procesamiento del lenguaje natural y proponiendo nuevos interfaces de búsqueda y recuperación. La extracción de conocimiento se conseguirá aplicando algoritmos propios de aprendizaje automático para la detección de patrones (reglas de asociación, descubrimiento de subgrupos, entre otros). Estos patrones permitirán a los médicos complementar sus conocimientos con la perspectiva de aplicarlos en medicina preventiva. El sistema será aplicable al dominio clínico en general. No obstante, puesto que cuatro de los investigadores participantes pertenecen al área de Telemedicina e Innovación Tecnológica del Hospital Virgen del Rocío de Sevilla (uno de ellos es el responsable del área), el desarrollo y la evaluación se realizarán en subdominios de patologías concretas que sean de gran prevalencia e impacto en Salud. Nos fijaremos como objetivo diferenciar la parte común del dominio clínico de la específica de los subdominios. De esta manera conseguiremos que la adaptación de nuestro sistema a un nuevo subdominio se lleve a cabo con el menor coste posible.

Nuestro equipo

Universidad de huelva
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MATA VÁZQUEZ, JACINTO

Investigador Principal
Titulación: Doctor en Informática
Categoría: Profesor Titular de Universidad
E-mail: mataarrobadti.uhu.es
Teléfono: 959 217315
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ABAD HERRERA, PEDRO

Personal Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Doctor en Informática
Categoría: Profesor Titular de Escuela Universitaria
E-mail: abadhe@dti.uhu.es
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AROBA PÁEZ, JAVIER

Personal Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Doctor en Informática
Categoría: Profesor Titular de Universidad
E-mail: arobaarrobadti.uhu.es
Teléfono: 959 217670
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MAÑA LÓPEZ, MANUEL J.

Personal Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Doctor en Informática
Categoría: Profesor Colaborador
E-mail: manuel.manaarrobadti.uhu.es
Teléfono: 959 217389
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Pachón Álvarez, Victoria

Personal Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Doctora en Informática
Categoría: Profesor Colaborador
E-mail: vpachonarrobadti.uhu.es
Teléfono: 959 217373
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Cruz Díaz, Noa Patricia

Personal Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Doctora en Informática
Categoría: Contratada con cargo al proyecto
E-mail: noa.cruzarrobadti.uhu.es
Teléfono: 959 217377
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Vélez Vélez, Miguel Ángel

Personal Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Doctor en Informática
Categoría: Profesor Titular de Universidad
E-mail: velez@dti.uhu.es Teléfono: 959 217674
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Domínguez Olmedo, Juan Luis

Personal no Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Máster en Tecnologías Informáticas Avanzadas
Categoría: Profesor Colaborador
E-mail: juan.dominguez@dti.uhu.es
Teléfono: 959 217371
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de la Villa Cordero, Manuel

Personal no Doctor – Universidad de Huelva
Titulación: Máster en Tecnologías Informáticas Avanzadas
Categoría: Profesor Colaborador
E-mail: manuel.villaarrobadti.uhu.es
Teléfono: 959 217639
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MARTÍNEZ GARCÍA, ALICIA

Personal no Doctor – Hospital Universitario Virgen del Rocío
Titulación: Máster en Ingeniería y Tecnología del Software
Categoría: Investigador predoctoral
E-mail: alicia.martinez.extsarrobajuntadeandalucia.es
Teléfono: 955 01 36 16
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PARRA CALDERÓN, CARLOS LUÍS

Personal no Doctor – Hospital Universitario Virgen del Rocío
Titulación: Licenciado en Ciencias Económicas
Categoría: Jefe de Sección de Innovación Tecnológica
E-mail: carlos.parra.sspaarrobajuntadeandalucia.es
Teléfono: 955 01 36 64
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LÓPEZ GUERRA, JOSE LUIS

Personal Doctor – Hospital Universitario Virgen del Rocío
Titulación: Médico Especialista en oncología radioterápica
Categoría: Oncólogo Radioterápico
E-mail: chanodetrianaarrobayahoo.es
Teléfono: 955 01 36 64
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MORENO CONDE, ALBERTO

Personal no Doctor – Hospital Universitario Virgen del Rocío
Titulación: Ingeniero de Telecomunicación
Categoría: Investigador predoctoral
E-mail: alberto.moreno.extsarrobajuntadeandalucia.es
Teléfono: 955 01 36 17

Objetivos

El objetivo principal en este proyecto es el desarrollo de una herramienta de informática biomédica avanzada que permita acceder, de forma inteligente, a la información textual y extraer conocimiento de utilidad desde las fuentes de datos estructuradas.

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