El sistema de garantía de calidad de la Universidad de Jaén se estructura en dos niveles de responsabilidad. Por una parte, a través del Vicerrectorado con competencias que coordina los procesos de evaluación de calidad de las titulaciones, departamentos y servicios, y por otra, del Centro responsable del título, que aplica su sistema de Garantía de Calidad. Mientras la Comisión de Coordinación Académica del máster es la encargada de velar por el desarrollo académico del programa, es la Comisión de Garantía Interna de Calidad del título la encargada de supervisar la aplicación todos los procedimientos de control y mejora de la calidad del máster estableciendo los planes de mejora que luego implementa la Comisión de Coordinación Académica del Máster.