Han sido localizados en el área portuaria y colombina de San Juan del Puerto los restos históricos de dos molinos de marea como resultado de las investigaciones que se encuentra realizando David González Cruz -catedrático de Historia Moderna de la Universidad de Huelva e Investigador Responsable del Grupo de Investigación “Mentalidad, sociedad y medioambiente en Andalucía e Iberoamérica”-. De este modo, ha podido confirmar de forma fehaciente la información que previamente había obtenido en las fuentes archivísticas contrastándola con testimonios orales como el proporcionado por Antonio Carrillo. Sin duda, este descubrimiento permite recuperar dos ejemplos de un conjunto tecnológico de carácter hidráulico que poseía San Juan del Puerto en la Edad Moderna.
Los restos arqueológicos de uno de los dos molinos mareales tienen el valor histórico añadido de que se encuentran situados en el estero que transcurría por la finca que fue explotada por la cuñada de Cristóbal Colón en la época de la gestación del descubrimiento de América, según las pruebas documentales aportadas por el profesor David González. En este yacimiento se observa la presencia de ladrillos y otros materiales acumulados en las dos márgenes del estero que parece como si hubieran sido objeto de movimientos de tierra derivados de alguna obra efectuada en los últimos años que hubiera podido destruir los pilares a los que hacían referencia los testimonios orales; ciertamente, en sus inmediaciones se han encontrado diferentes materiales cubiertos por la vegetación y ladrillos cuya tipología indican que corresponden a los siglos de la Edad Moderna. Según indica el Prof. González Cruz, sería conveniente una excavación arqueológica que pusiera de manifiesto otros restos materiales que actualmente se encuentran cubiertos por la vegetación y los lodos.
El segundo molino de marea localizado se encuentra situado en la zona de las salinas de San Juan del Puerto, dentro del área portuaria que iba desde el embarcadero situado en el muelle del Buitrón hasta el embarcadero existente junto al actual apeadero de Renfe-ADIF. En concreto, sus estructuras materiales parecen encontrarse en buen estado de conservación observándose algunos componentes como maderas y, al menos, una bóveda de ladrillos; el resto del molino se encuentra cubierto por la vegetación y por lodos hasta que la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía adopte las medidas pertinentes. En este sentido, el mencionado hallazgo ha sido comunicado a la Delegación Territorial de la Consejería de Cultura, Turismo y Deporte en Huelva y al Ayuntamiento de San Juan del Puerto con el fin de que garanticen el estudio, preservación y protección de ambos yacimientos.
Los antecedentes históricos de los molinos de marea existentes en los Lugares Colombinos del estuario del río Tinto -según González Cruz- se han podido documentar, al menos, desde la Baja Edad Media, ya que en varios documentos de la colección diplomática correspondiente al Monasterio de Santa Clara de Moguer se detecta el funcionamiento de molinos de marea en el río Tinto en los siglos XIV y XV. Además, se han hallado indicios de la existencia de molinos mareales registrados en la documentación histórica de San Juan de principios del siglo XVI. Por su parte, la primera cuantificación de los molinos de marea del río Tinto se llevó a efecto a mediados del siglo XVIII en el Catastro de Ensenada dejándose constancia de que se trataba de un conjunto tecnológico integrado por siete de ellos en San Juan del Puerto. El valor patrimonial, histórico y cultural de los molinos mareales ha sido reconocido en la resolución de 17 de diciembre de 2008, de la Dirección General de Bienes Culturales, por la que se incoaba el procedimiento para la inscripción como Bienes de Catalogación General de manera colectiva en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz de los molinos mareales del litoral de Huelva (BOJA, 12 de enero 2009); no obstante, aún quedan por incluirse la mayoría de los molinos mareales documentados en los Lugares Colombinos del estuario del río Tinto.